将军府邸遗址，从形制上看，占地面积不算太大，但当初的建筑却十分宏伟，是一座歇山顶式的建筑，当是戍守长城下级军官的将军府邸。这三块精致的石刻，两个是位于府门前左右的鼓型旗杆座，它们代替了古时的夹杆石，是用以固定插在杆座中的军中大旗的。另一个是府门前的装饰石，俗称“石面”，本应有两座，分另立于府门前，左右各一。从残存的砖瓦来看，这座将军府一直延用到清代，后来大约经过修缮。将军府邸遗址的旁边，是“亭障”的遗址，“亭障”四壁是用黄土夯筑而成的围墙，我们知道，明代的国土是不完整的。明初，长城以北是为元朝的残部逃往北方，时为“北元”所占有，后来“北元”又经分裂，遂形成了鞑靼和瓦剌，鞑靼在东，瓦剌在西，它们不断南侵，占据了河套大部。明政府为抵御鞑靼和瓦剌，就于其疆域的北端修筑了长城，大多是被动防守。明朝既沿长城设防，就在沿线建立了一系列配套的军事设施，其中之一就是亭障，又叫城障。《史记.武帝本纪》注：“障，山中小城”。《汉书.张汤传》唐朝颜师古注说：“障，谓塞上险要之处，别筑为城，因置吏士而为障蔽，以捍寇也。”可见水洞沟城障，是供守卫长城的军队驻扎，储备军需的小城，也即一个兵营，管辖附近这段长城和若干墩台，执行着长城沿线的防守任务，隶属于灵州千户所。如果把它们恢复起来，我们将直观地看到明代将军府邸的建筑风格及障的形制。但也有人认为这里是一座山神庙，此说似乎不符合明代“摆边”的建制。
据清代《嘉庆灵州志迹》载：“前明嘉靖筑河东墙后，尽减其马以省草料之费，息喂养之劳。帷置军火沿沟垒守之，谓之“摆边”就是说，明嘉靖年间修筑长城后，为了节约军费开支，把戍守之军的马匹减去，以节省草料的费用，只沿垒布置军士戍守，因称之为“摆边”。既然为沿边沟设防戍守，守军无马，轮值时必不能来回走得很远，所以必以近处设置城或障，以便于屯军。这座障就因此而设，是戍军将士守卫屯驻之地，兼屯粮和存放军械。
